Berawal dari pelatihan kepemimpinan Excellent Leader Training (ELT) yang diadakan di Kupang pada bulan Desember 2010, di mana saat itu Tuhan menggerakkan hati para pemimpin ELT untuk membangun masyarakat Nusa Tenggara Timur. Kemudian melalui ELT yang sudah memiliki basis anggota di seluruh Indonesia, mereka bahu-membahu untuk membangun SMAKr. Pandhega Jaya. Didasari oleh Kebutuhan akan pendidikan sangat besar di NTT, maka dimulailah sekolah SMAKr. Pandhega Jaya, Pandhega Jaya (diambil dari bahasa sansekerta yang berarti Pemimpin Unggul).

Perjuangan pndirian SMAKr. Pandhega Jaya bukanlah perkara mudah. Namun oleh rahmat Tuhan dan banyaknya donatur yang budiman yang hingga saat ini terus berdiri bersama-sama dengan kami, hingga saat ini proses belajar mengajar dan kehidupan yang saling berbagi di asrama berjalan dengan sangat baik dalam segala keterbatasnya.

Saat ini sudah ada dua angkatan siswa-siswi yang menempuh pendidikan di SMAKr. Pandhega Jaya, angkatan pertama berjumlah 22 murid, angkatan kedua berjumlah 25 murid. Mereka dibimbing oleh 7 guru yang tinggal bersama-sama dengan mereka, dan 5 guru honorer.

SMAKr. Pandhega Jaya juga memiliki unit bisnis sebagi sumber dana tambahan supaya sekolah ini dapat semakin berkembang.